فیستول مقعد به ندرت ممکن است بدون درمان زخم ایجاد شده التیام یابد. در اغلب موارد، جراحی برای حذف فیستول مورد نیاز است. بسته به نوع فیستول مقعد (ساده یا پیچیده) و موقعیت آن چندین تکنیک استفاده می‌شود که عبارتند از فیستولوتومی، استن، فلپ آدوانسمنت و پلاگین بیولوژیکی.
اکثر روش‌های جراحی فیستول مقعد را می توان به صورت سرپایی و بدون نیاز به بستری انجام داد. در فیستول‌های بزرگ و عمیق ممکن است نیاز به مدتی مراقبت پس از جراحی در بیمارستان باشد. معمولاً بیماران می‌توانند در همان روز بعد از عمل جراحی به خانه برگردند، با این حال، نیاز به استراحت برای حداقل چند روز بعد از عمل جراحی برای کمک به روند بهبود وجود دارد. هر یک از تکنیک‌های جراحی مزایا و معایبی به همراه دارند که با توجه به موقعیت و محل قرارگیری فیستول توسط پزشک انتخاب می‌‌شوند، این روش‌‌ها شامل: